Open database life: MyISAMとInnoDBのどちらを使うべきか
http://opendatabaselife.blogspot.com/2009/10/myisaminnodb.html
MySQLのInnnoDB、MyISAMの利点・欠点がまとめられている。参考になります。
自分は、特別な事情が無い限り、5.1最新版に含まれるInnoDB Pluginを勧めています。(特にMyISAMを使っていた)ウェブ屋さんがInnoDBを使う場合の設定項目 - kazuhoのメモ置き場
innodbの書き込み速度を上げるtipsと、その他設定について
sudo hdparm -W 0 /dev/sda